Fundada na segunda metade do século XVII pelo bandeirante Pedro Vaz de Barros, mais conhecido como Vaz-Guaçu. A cidade recebeu o nome São Roque devido a devoção de seu fundador por este santo. Atraído pela região, estabeleceu-se com sua família e por volta de 1.200 índios as margens dos ribeirões Carambeí e Aracaí, começando assim, a cultivar trigo e uva. A cidade surgiu de uma enorme fazenda e uma capela por ele erigida no local. A capela, então localizada onde hoje é a Praça da Matriz, foi levantada em devoção a São Roque. A fazenda tinha por objeto o cultivo de vinhedos e de trigais, utilizando-se mão-de-obra indígena forçada e mais tarde, de escravizados negros. Mais tarde, imigrantes italianos e portugueses cobriram as encostas dos morros com vinhedos, instalaram suas adegas e transformaram São Roque na famosa "Terra do Vinho". O irmão de Pedro Vaz, Fernão Paes de Barros, também veio a se instalar em São Roque, nos mesmos moldes que seu irmão, fundando uma fazenda, denominada Sítio Casa, e uma capela(Capela de Santo Antonio), indo esta a servir como parada e pousada dos Bandeirantes, que desciam o Rio Tietê em busca de ouro e esmeraldas.
Em 1832, São Roque foi elevada à condição de vila e, em 1864, à categoria de município. A capela original a São Roque, bem como as igrejas barrocas que a sucederam no Largo da Matriz foram derrubadas e sucessivamente "modernizadas", assim como todo o entorno paisagístico do Largo da Matriz. Ao que consta, até a década de 1940, o Largo da Matriz era formado por um conjunto arquitetônico barroco, tendo a sua volta casarões.
Antes de ter sido elevado à condição de vila, o povoado foi declarado freguesia de Santana de Parnaíba, no ano de 1764. Em 1864, é elevado à categoria de município. Entre 1872 e 1875, é inaugurada a Santa Casa de Misericórdia e a estação da Estrada de Ferro Sorocabana. No final do século XIX, tem sua economia impulsionada pela chegada de imigrantes italianos.
Em 1834, é criado o I Cartório de Protesto de Notas e Títulos. O fórum judicial é criado em 1873, com a instalação de dois ofícios judiciais. Um ano depois, é criado o 1º Cartório de Registro de Imóveis. Em 1889, é instalado o Primeiro Ofício do Registro Civil das Pessoas Naturais. Em 1893, é instalado o 2º Cartório de Protesto de Notas e Títulos.
Ao que consta, essas melhorias foram levadas a cabo em função da influência político do Sr. Antônio Joaquim da Rosa, o Barão de Piratininga, importante personalidade sanroquense, e ao que consta, amigo pessoal do Imperador D. Pedro II. O Barão de Piratininga chegou, inclusive, a ser nomeado presidente da província de São Paulo no ano de 1869.
Em 1890, o industrial italiano Enrico Dell'Acqua funda a BRASITAL, uma das primeiras indústrias têxteis do Brasil, a qual funcionou até meados dos anos 1970. Hoje, faz parte do patrimônio público municipal, abrigando um Centro Cultural, Educativo e Turístico, bem como a biblioteca municipal.
A partir de 1880 ressurgiu em São Roque a segunda fase da vitivinicultura, graças à iniciativa, quase simultânea, de três pioneiros: o lavrador José Casali, o engenheiro da Estrada de Ferro Sorocabana Dr. Eusébio Stevaux, francês de origem, e o sanroquense Antonio dos Santos Sobrinho, o Santinhos, como era conhecido. Dos três, apenas o Sr. Casali se dedicou à vinicultura com fins comerciais, mas todos eles tiveram seguidores. O município apresentava condições ideais para a cultura da vinha, mas os métodos empregados na vinicultura eram os mais empíricos, pois os que a este ramo se dedicavam, seguiam preceitos muito antiquados, conforme haviam aprendido de seus antepassados, e sem nenhum apoio dos poderes públicos. O cultivo da vinha, de fins do século XIX, até a primeira década do século XX, foi se desenvolvendo lentamente.
A primeira tipografia da cidade é criada pelos irmãos Boccato, que passam a editar um semanário chamado "O Democrata". O jornal foi fundado em 1917. O primeiro ginásio da cidade, a escola "Horácio Manley Lane" foi fundada em 1947.
Em 1990, devido ao seu grande potencial no cenário histórico, artístico, ecológico e cultural, foi transformada em Estância Turística. Com um ótimo clima serrano, paisagens belíssimas e povo hospitaleiro, São Roque dispõe de uma excelente infra-estrutura hoteleira, bons restaurantes, um amplo comércio e os mais saborosos vinhos da região. À apenas 60 Km de São Paulo e servido por duas grandes Rodovias, Raposo Tavares e Castelo Branco, São Roque oferece aos visitantes opções de lazer com ar puro e muita tranquilidade.
